もともとの製法は地域によりかなり異なっており、生の魚を塩漬けにしたり、干物にして用いるもの、特定の魚種だけを使う場合や網にかかった魚をみな使う場合、オキアミなどを原料とする場合がある。基本的に、用いる魚の種類によって、大きな魚の場合には内臓、頭、ヒレなどを、アンチョビなど利用価値の低い小形の魚の場合には、丸ごとを用いる場合が多い。
原則として、魚を大量の塩と共に漬け込み、そのまま数ヶ月以上発酵させる。熟成が進むと、魚の形が崩れ、全体が液化してくる。その液化が進んだものを、漉して用いる。熟成の度合いは地域によって異なり、熟成度が少なく、魚の香りの強いものから、熟成が進みチーズのような発酵した匂いが中心のものもある。魚と塩だけで熟成させるものの他に、これに野菜や香草類を加えて味を調えるものもある。
一般に食卓で用いるための製品は純度の高いものであるのに対し、料理用の製品では、これに塩水とグルタミン酸ナトリウムなどを添加している場合もある。
新製法 [編集]
1990年代後半頃から、日本国内で上記と異なる製法で製造されているものもある。伝統的魚醤油は生化学的には魚の内臓自身の持つ消化酵素や混入してきた細菌やカビが分泌する酵素によって魚の組織を分解している。それら液化を行わせるための手段として内臓や混入細菌に頼らずに人為的に酵素や麹を用いて製造する方法が試行錯誤されてきた。1990年代後半には魚醤油開発について報じられたものの、2006年現在はその後の発展を見ない会社もある。
酵素を使用 [編集]
三菱瓦斯化学…マリナージ（製品名） - イワシを酵素分解して作り、食品加工業界で早くから知られている。
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麹を使用 [編集]
カネセフーズ、マルデン、三上水産など - 鮭を主原料にする。
マルゼン食品、TSOスタッフ - ほっき貝を主原料にする。
株式会社びーみ - 鰹の内臓を主原料とする。橋本大二郎知事主導の高知県商品計画機構の一環として製造され、小泉武夫が協力した。しかし、赤字続きだったために2001年度を以って撤退し、現在は入手不可能。